|
|
Evolution of karyotypes and sex determination in the turtle family Geoemydidae
Clemente, Lorenzo ; Rovatsos, Michail (vedoucí práce) ; Montiel Jimenez, Eugenia Elisabet (oponent) ; Castiglia, Riccardo (oponent)
(ČESKY) Většina studovaných želv vykazuje teplotní určení pohlaví, genotypové určení pohlaví (tj. přítomnost pohlavních chromozomů) bylo zjištěno u této skupiny relativně vzácně. Cílem této práce bylo prozkoumat a rozšířit naše znalosti o evoluci karyotypu a determinaci pohlaví u želv, zejména se zaměřením na čeleď Geoemydidae, čeleď želv s dříve doloženou variabilitou systémů určení pohlaví. Přítomnost pohlavních chromozomů byla zkoumána kombinací konvenčních a molekulárně- cytogenetických technik. Vedle analýzy karyotypu byla zkoumána distribuce konstitutivního heterochromatinu (C-pruhování) a repetitivních elementů, pohlůavní rozdíly pak pomocí komparativní genomové hybridizace (FISH, CGH). Celkem bylo cytogeneticky vyšetřeno 49 druhů želv z devíti čeledí. U čeledi Geoemydidae byla zjištěna pozoruhodná podobnost karyotypů, které se skládají z 2n=52 chromozomů (což je předpokládaný ancestrální diploidní počet chromozomů pro všechny želvy) a podobné topologie lokusů rDNA a telomerních repetic. Sharma et al. (1975) popsali ZZ/ZW pohlavní chromozomy u druhu Pangshura smithii. V analýze předložené v této práci dokládáme potenciálně chybnou identifikaci těchto pohlavních chromozomů v důsledku chybného párování chromozomů při rekonstrukci karyotypu. Navíc heteromorfní pohlavní chromozomy nebyly...
|
|
|
Metylace DNA řízená malými RNA u Arabidopsis thaliana
Motylová, Šárka ; Fischer, Lukáš (vedoucí práce) ; Moravec, Tomáš (oponent)
Rozdílná transkripční aktivita různých oblastí genomu je zajišťována epigenetickými modifikacemi, mezi které patří metylace DNA, úprava N-koncových aminokyselin histonů a změny v zastoupení histonových variant. RNA interference je regulační proces, při kterém dochází prostřednictvím malých RNA odvozených z exogenních či endogenních sekvencí k posttrankripčnímu nebo transkripčnímu umlčení těchto sekvencí. 24-nukleotidové siRNA, tvořící část malých RNA, řídí de novo metylaci a spoluúčastní se udržování metylace DNA (RNA-directed DNA methylation; RdDM), která se podílí na transkripčním umlčení heterochromatinu a transponovatelných elementů, vyskytujících se u rostlin ve velkém množství. Pro krytosemenné je také charakteristická přítomnost RNA polymeráz IV a V účastnících se v této dráze, které byly poprvé objeveny v genomu Arabidopsis thaliana, jež se stala hlavní modelovou rostlinou i pro studium RdDM. Polymeráza IV přepisuje prekurzory siRNA; siRNA jsou následně asociované s AGO4 proteiny a navádějí metylační enzymy na cílové sekvence prostřednictvím komplementarity s transkripty polymerázy V.
|
|
|
Analýza karyotypu u vybraných bičovců řádů Amblypygi a Uropygi
Sember, Alexandr ; Král, Jiří (vedoucí práce) ; Ráb, Petr (oponent)
Karyotype analysis of selected species from arachnid orders Amblypygi and Uropygi Whip spiders (Amblypygi) and whip scorpions (Uropygi) represent relict arachnid orders which has been found already at Upper Carboniferous strata. Although cytogenetic data from amblypygids and uropygids might be important to reconstruct karyotype evolution of arachnids, cytogenetics of these orders is almost unknown. Presented study is aimed in analysis of karyotype and meiosis in 16 species of Amblypygi and 4 species of Uropygi. Both groups are characterized by considerable range of diploid chromosome numbers (2n = 24 - 86 in Amblypygi and 36 - 66 in Uropygi). Analysed species does not exhibit morfologically differentiated sex chromosomes. Differentiation of sex chromosomes on molecular level was revealed in amblypygid Paraphrynus mexicanus by comparative genome hybridization. Obtained data indicate XY/XX sex chromosome system in this species. Comparison of karyotype data indicates reduction of chromosome numbers during evolution of both orders. In Amblypygi, this reduction was accompanied by increase of number of biarmed chromosomes. This trend is not apparent in Uropygi. Karyotypes of most analysed amblypygids and uropygids are also characterized by low amount of heterochromatin. Most studied species exhibit two pairs...
|
|
| |
|
|
Evolution of sex chromosomes and karyotypes in boas and pythons
Charvát, Tomáš ; Rovatsos, Michail (vedoucí práce) ; Majtánová, Zuzana (oponent)
- ABSTRAKT - Hadi (Serpentes) jsou skupinou šupinatých plazů (Squamata), která představuje více než třetinu druhové diverzity plazů. Karyotyp hadů je poměrně konzervativní a nejčastěji má v diploidním stavu 36 chromozomů (16 makro- a 20 mikrochromozomů). Předpokládá se, že toto uspořádání bylo přítomno už u společného předka všech hadů. Majoritní většina hadích druhů patří do skupiny Caenophidia a sdílí homologní ZW pohlavní chromozomy. Hadi ze skupin "Scolecophidia" a "Henophidia" mají převážně nerozlišené, homomorfní pohlavní chromozomy, což v minulosti znemožnilo jejich podrobnější studium. Přítomnost ZW pohlavních chromozomů byla u těchto hadů po desetiletí tedy pouze předpokládána. Nové studie doložily existenci nejen ZW, ale i dvou nehomologních systémů s XY pohlavními chromozomy mimo skupinu Caenophidia. Dokázaly, že systémy určení pohlaví jsou u hadů variabilnější, než se dříve předpokládalo. V této práci bylo studováno osm druhů hadů ze skupiny "Henophidia" (zástupci rodů Eryx, Cylidrophis, Python a Tropidophis) a jeden druh ze skupiny Caenophidia (Ophiophagus hannah) a to za použití konvenčních i molekulárních cytogenetických metod. Pohlavní chromozomy však nebyly nalezeny u žádného ze studovaných druhů skupiny "Henophidia", nýbrž pouze u Ophiophagus hannah ze skupiny Caenophidia. Tento druh má...
|
|
|
Evolution of sex chromosomes in reptiles
Mazzoleni, Sofia ; Rovatsos, Michail (vedoucí práce) ; Zrzavá, Magda (oponent) ; Liehr, Thomas (oponent)
- ABSTRAKT - Mezi obratlovci představují plazi ideální skupinu pro studium determinace pohlaví. Zahrnují totiž linie s pohlavím určeným prostředím (ESD), jak můžeme vidět u krokodýlů a tuatary, linie s genotypovým určením pohlaví (GSD), např. leguány, chameleony, skinky, ještěrky a ptáky, a pár skupin, které mají variabilitu v mechanismech určování pohlaví jako jsou gekoni, agamy a želvy. Tato práce je zaměřena na evoluci pohlavních chromozomů a determinace pohlaví u želv. Většina druhů želv vykazuje ESD, jež je považováno za ancestrální systém určování pohlaví této skupiny, zatímco GSD v podobě samčí či samičí heterogamie se vyvinula nezávisle nejméně pětkrát. Pomocí cytogenetických analýz jsme zkoumali přítomnost pohlavních chromozomů u vybraných zástupců želv. Analýzy zahrnovaly rekonstrukci karyotypů, distribuci konstitutivního heterochromatinu (C-pruhování, analýza akumulace metylovaných skupin) a repetic (pomocí fluorescenční in situ hybridizace) a srovnávací genomovou hybridizaci (CGH), které často odhalí degenerovaný Y nebo W chromozom a mohou být užitečné při identifikace "kryptických" pohlavních chromozomů. Popsali jsme XX / XY chromozomy u sedmi dříve nestudovaných australských zástupců čeledi Chelidae (Pleurodira) z rodů Chelodina, Elseya a Emydura. Navzdory rozdílu v morfologii chromozomů by...
|
|
|
Evoluce pohlavních chromozomů a karyotypů hadů
Augstenová, Barbora ; Kratochvíl, Lukáš (vedoucí práce) ; Majtánová, Zuzana (oponent)
Hadi (Serpentes) jsou skupinou šupinatých plazů (Squamata) čítající více než 3600 druhů. Většina hadů patří do skupiny Caenophidia, ta tvoří asi 90 % všech moderních hadů a je také nejstudovanější hadí skupinou. Přestože jsou šupinatí plazi v determinaci pohlaví a uspořádání genomu variabilní, přinejmenším hadi skupiny Caenophidia jsou v tomto ohledu skupinou velice stabilní. Typický - a zřejmě také ancestrální - karyotyp hadů obsahuje 36 chromozomů s 16 makro- a 20 mikrochromozomy. U všech druhů hadů se předpokládá genotypově určené pohlaví (GSD) a až do nedávna se mělo za to, že všichni hadi mají ZZ/ZW pohlavní determinační systém. Hlavní důvod této domněnky spočívá v tom, že byli studováni převážně hadi skupiny Caenophidia a u zbývajících linií se jen předpokládalo, že mají homologické pohlavní chromozomy, ačkoli se u těchto hadů - s jedinou výjimkou (Acrantophis dumerili) - pohlavní chromozomy popsat nepodařilo. Teprve současná studie ukázala, že minimálně u krajt a hroznýšů došlo k nezávislému vzniku pohlavních chromozomů XX/XY. Pohlavní chromozomy těchto hadů jsou však homomorfní a klasickými cytogenetickými metodami se je prozatím nepodařilo odhalit. Proto bylo jedním z cílů této práce zjistit, zda je možné identifikovat slabě diferencované pohlavní chromozomy u hadů mimo skupinu Caenophidia...
|
|
|
Heterochromatinové varianty lidského karyotypu
Michalová, Michaela ; Šípek, Antonín (vedoucí práce) ; Forman, Martin (oponent)
Chromozomy jsou buněčné struktury složené z chromatinu, z nichž jeden druh je konstitutivní heterochromatin, který neobsahuje žádné kódující sekvence a je transkripčně neaktivní. Heterochromatinové úseky jsou tvořené vysoce repetitivními sekvencemi satelitních DNA, díky kterým dochází k variabilitě. Největší oblasti heterochromatinu nalezneme na dlouhých ramenech chromozomů 1, 9, 16 a Y, ale na variabilitě se podílí i heterochromatin na krátkých ramenech akrocentrických chromozomů 13 - 15, 21 a 22. Tato bakalářská práce na základě dostupných vědeckých článků shrnuje poznatky o heterochromatinových variantách, jejich výskytu, četnosti, možnostech zkoumání a také klinickém významu v současné době. Poukazuje především na možnou spojitost s reprodukčními poruchami a na protichůdné výsledky jednotlivých pozorování. Současné poznatky ukazují na význam nových laboratorních metod (molekulárně cytogenetických), které lze využít k upřesnění a podrobnějšímu třídění nálezů, které byly kdysi za použití méně přesných pruhovacích metod označeny jako neškodné varianty. Ze shrnutí tedy vyplývá, že by měl být kladen důraz na studii klinického významu heterochromatinových variant, které, přestože jsou považovány za normální varianty bez klinického významu, mohou mít vliv například na průběh meiózy a tím způsobit...
|
|
|
Cytogenetika vybraných skupin paprskoploutvých ryb (Actinopterygii): Evolučně -ekologické aspekty spjaté s dynamikou repetitivních sekvencí a s výskytem polyploidie
Sember, Alexandr ; Ráb, Petr (vedoucí práce) ; Marec, František (oponent) ; Král, Jiří (oponent)
Paprskoploutvé ryby (Actinopterygii) jsou druhově nejpočetnější skupinou obratlovců na zemi. Většinu jejich druhové diverzity tvoří ryby kostnaté (Teleostei), jejichž evoluční úspěch bývá spojován s celogenomovou duplikací, která nastala u vzniku této skupiny, tj. po jejich divergenci od ostatních paprskoploutvých ryb. I přes vzrůstající počet genomických a transkriptomických studií je dosud nejvíce informací o genomech ryb známo na úrovni měření obsahů DNA a analýzy karyotypů. Genomy paprskoploutvých a zejména kostnatých ryb jsou značně dynamické a obsahují pestrou škálu repetitivních sekvencí, jejichž variabilita stojí za pozoruhodným rozpětím ve velikostech jejich genomů a má vliv i na diferenciaci karyotypů. Paprskoploutvé ryby jsou proto vhodným modelem pro řadu studií, jejichž cílem je objasnit úlohu genomové variability v procesu evoluce, morfologické a ekologické diverzifikace a adaptace. Zejména mapování repetitivních sekvencí metodou fluorescenční in situ hybridizace (FISH) přineslo v posledních dvou desetiletích poznatky velice užitečné při utváření představ o architektuře rybích genomů a při řešení nejrůznějších evolučních, taxonomických a ekologických otázek. Tato práce se zabývá studiem dynamiky karyotypů, repetitivních sekvencí a polyploidizace u vybraných druhů Teleostei a...
|
|
|
Metylace DNA řízená malými RNA u Arabidopsis thaliana
Motylová, Šárka ; Fischer, Lukáš (vedoucí práce) ; Moravec, Tomáš (oponent)
Rozdílná transkripční aktivita různých oblastí genomu je zajišťována epigenetickými modifikacemi, mezi které patří metylace DNA, úprava N-koncových aminokyselin histonů a změny v zastoupení histonových variant. RNA interference je regulační proces, při kterém dochází prostřednictvím malých RNA odvozených z exogenních či endogenních sekvencí k posttrankripčnímu nebo transkripčnímu umlčení těchto sekvencí. 24-nukleotidové siRNA, tvořící část malých RNA, řídí de novo metylaci a spoluúčastní se udržování metylace DNA (RNA-directed DNA methylation; RdDM), která se podílí na transkripčním umlčení heterochromatinu a transponovatelných elementů, vyskytujících se u rostlin ve velkém množství. Pro krytosemenné je také charakteristická přítomnost RNA polymeráz IV a V účastnících se v této dráze, které byly poprvé objeveny v genomu Arabidopsis thaliana, jež se stala hlavní modelovou rostlinou i pro studium RdDM. Polymeráza IV přepisuje prekurzory siRNA; siRNA jsou následně asociované s AGO4 proteiny a navádějí metylační enzymy na cílové sekvence prostřednictvím komplementarity s transkripty polymerázy V.
|
host ::
RSS.